Syftet med en arkeologisk undersökning är att inhämta ursprunglig information som efter analys och tolkning kan öka kunskapen och förståelsen för vårt förflutna. För att nå målet är valet och tillämpningen av metod och teknik viktigt. 1981 påbörjade Kalmar läns museum de marinarkeologiska undersökningarna av regalskeppet Kronan.
Provschakt grävdes på strategiska ställen på vrakplatsen för att bestämma fyndlagrens utbredning och karaktär. Ett koordinatsystem upprättades över ett 50×40 meter stort område med vraket i centrum. Koordinatsystemet möjliggör inmätning och lägesbestämning med utgångspunkt från fixpunkter, av påträffade föremål och konstruktionsdelar. När väl koordinatsystemet var på plats, påbörjades en systematisk, successiv utgrävning av vraket, däck för däck i långskeppsriktningen. Vid mitten av 1990-talet togs ett s k sökschakt upp tvärs vraket, i syfte att klarlägga var däcksgränserna löpte i de djupare och nedre delarna av vraket. Idag, efter 40 år av årliga undersökningar, är c a 95 % av vrakplatsen yta undersökt. 35 000 föremål har bärgats.
Föremål och konstruktioner på vrakplatsen friläggs med en s.k. slamsug eller mammutpump. Med hjälp av en kompressor förs tryckluft ned i en slang till botten där luften via en ventil släpps in i ett metallmunstycke. När luften strävar upp mot ytan genom den grova sugslangen åstadkoms ett undertryck och föremål kan friläggas från sand, slam och lera. Innan ett föremål plockas upp måste det mätas in och friläggas helt. Annars finns risken att man missar viktig information. På ytan passerar vattnet från sugslangen genom ett såll där eventuella förbisedda föremål kan omhändertas. Det är av största vikt att dykaren inte arbetar med munstycket i direkt kontakt med utgrävningsmiljön. Föremål kan då lätt skadas eller slinka in i sugmunstycket. Det är också viktigt att dykaren ligger så stilla som möjligt under arbetet så att inte sedimentet rörs upp och förstör sikten på botten. Risken finns också att föremål förstörs på grund av oaktsamhet vid förflyttning. Innan ett föremål plockas upp måste det mätas in och friläggas helt. Annars finns risken att viktig information förstörs.
En s k fotomosaik bestående av ett lapptäcke av digitala bilder av vrakplatsen, visar vrakplatsen utseende. Fotograferingen gjordes med en stillbildskamera från ett bestämt avstånd över botten. Bilderna pusslas sedan ihop med hjälp av ett datorprogram. Den färdiga bilden av vraket tjänar som underlag för identifiering av vrakets olika delar och underlättar också planeringen av dykarbetet. Med utgångspunkt från fotomosaiken och systematiska inmätningar av olika vrakets delar, upprättas successivt en mer och mer detaljerad skiss över vrakplatsen. Genom att koppla ihop den digitaliserade bilden av vraket med en föremålsdatabas i vilken alla fynd ingår, kan de bärgade fyndens läge visas mot bakgrund av skissen.
Vid dykning på djup större än 10 meter är tiden begränsad. På Kronans vrakplats på 26 meters djup, är den maximala dyktiden 30 minuter, för att kunna göra en direktuppstigning. Efter några timmar på ytan kan ett andra, kortare dyk genomföras. Den effektiva dyktiden uppgår till ca 50 minuter per dag och dykare. Andningsgasen är vanlig komprimerad luft. Varje dykare använder s k torrdräkt. Under dräkten bär dykarna ett fiberställ, för att skydda sig mot kylan. Bottentemperaturen på vrakplatsen överstiger sällan +5 grader.
Den korta dyktiden kräver en mycket noggrann planering av arbetet på botten. Eftersom dykningen inte är ett självändamål utan endast ett sätt att ”ta sig till jobbet”, måste dykkunskaperna sitta i ”ryggmärgen” och arkeologin sättas främst. Ett dyklag uppgår totalt till 20 dykare plus fartygsbesättning. Dykningen genomförs för det mesta i par. De arbetsuppgifter som skall genomföras planeras noga på ytan innan nedstigningen. Det är inte enbart renodlade arkeologiska arbetsuppgifter som utförs på botten. En mängd service- och underhållsarbeten måste kontinuerligt genomföras för att det arkeologiska arbetet skall kunna fungera. I basen för dykningen måste också väl fungerande säkerhetsrutiner finnas.